平凡な毎日を周囲の人々と送っていた竜宮島の中学３年生・真壁一騎。そんなある日、東京に旅行に行っていた幼なじみの皆城総士が帰ってきた。その日から、彼らの運命は激変する。
突然、島中に響き渡る「あなたはそこにいますか」の声。そして襲来するフェストゥム。初めて見る人類外の存在に、おどろきを隠せない一騎たち。さらに、竜宮島はその隠されていた真実の姿をあらわにする。
まるであらかじめ予定されていたことのように、要塞化した島と、フェストゥム・スフィンクス型との戦いが始まった。そして総士は、一騎にファフナーへ乗るように懇願し…。

We get introduced to Kazuki and half of the gang. Though, nothing too harsh occurs yet. In terms of Festum battling.