新国連からも隠れ続ける竜宮島は、度重なる偵察機の接近に、島の防備を整えつつ、移動を開始することを決定する。そして、アーカディアンプロジェクトに参加させられることになった真矢たちは、島の地下に隠されていたアルヴィスの存在におどろくのだった。
甲洋たちのファフナー操縦訓練が始まり、そしてファフナー・マークゼクスと飛行装備リンドブルムの整備も開始される。そんな中、一騎はひとりの不思議な少女と出会っていた。アルヴィスの地下深くで眠るその少女に、一騎は奇妙なシンパシーを感じるが…。