マークゼクスを失うのと引きかえにして竜宮島を守った翔子。しかし島民たちは、その墓に好意的ではない感情を見せる。翔子の命よりもファフナーの方が大切だという大人たちに、怒りを覚える甲洋。そしてその怒りは、翔子を守りきれなかった一騎へも向けられる。
次のファフナー・パイロットとして咲良と甲洋が選出された。しかしふたりは、一騎との模擬戦によって自分の力の無さを思い知らされる。
そんな中、アーカディアンプロジェクトで建造されたと思われる他の島が見つかった。物資の補給と調査を兼ねて、ファフナーは出撃することになるが…。