モルドヴァで戦う一騎を迎えに行こうと、真矢は溝口とともに竜宮島を出ようとしていた。そんな時、今度はアルヴィスそのものを手に入れようとしているバーンズ大佐率いる人類軍が、竜宮島に攻めて来る。人類軍から隠れるため、いち早くワルキューレの岩戸から出ていた乙姫の助けにより、辛くも島を脱出する真矢と溝口。しかし残された島は、人類軍によって占領されてしまう。
一方、慣れないグノーシスモデルでの戦いに苦しんでいる一騎に、日野洋治は完成したザルヴァードルモデル（マークザイン）を渡そうと考えるが…。