帰還した一騎とマークザインによってフェストゥムは撃退され、アルヴィスのコントロールも史彦たちの手に戻った。一騎に不器用ながらも自分のありのままを伝えようとする総士、島の外で世界の現実を胸に刻んだ真矢、そして乙姫は、残された時間を人間らしく生きることを選んだ。
一方、新国連軍は島から撤退を始めていた。竜宮島を人類にとって危険な存在と判断したバーンズ大佐は、残した潜水艦のフェンリルの時限装置を作動させていた。狩谷に大佐のもくろみを教えられた道生は、メガセリオンを駆り島へと急ぐが…。