いよいよ、一騎たちが北極に飛び立つ時が来た。「お前たちに未来を託す……蒼穹作戦を開始する！」全員が必ず戻って来られるように島を洋上に係留し、一騎、真矢、剣司、カノンを送り出す史彦。そして彼らを見送る乙姫には、人間としての命の終わりが近づいていた。バイオ・スフィアとして島の全てを包むミールに、生命の循環……誕生と滅びを教えるため、乙姫は竜宮島の懐へ戻らなければならないのだ。一方、北極海で人類軍と合流した一騎たちのファフナーは、フェストゥムがひしめく雪原を、ミョルニアのコア、敵のミール、そして囚われの総士を目指してひた走る。次々とフェストゥムの防衛線を突破する一騎たちを迎え撃つイドゥンの作戦……それは、半同化された総士とジークフリードシステムが導き出した、四人の連携を分断し、個別撃破するという罠だった。