2146年　ＴＶシリーズスタートよりもさらに１年半前のこと。まだ、竜宮島はフェストゥムの脅威にさらされておらず、平和な日々を送っていた。
中学生の主人公 将陵僚とヒロイン 生駒祐未。
だが、ある日突然祐未 の脳裏に声が聞こえる、アルヴィスへ行けと・・・メモリージングされた記憶の解放、託された使命。やがて、訪れるフェストゥムの脅威、主人公たちの卒業の時。
そして続く世代・皆城総士たちへ託される想い。
・・・こうして命の物語が今始まる。

Yumi and Kyo are children who have been selected to take part in a top secret mission, to be the pilots of the first Fafner combat units; the last chance of survival for the human race. The enemy is ruthless, remorseless and is able to read the minds of humans. Therefore, the details of this mission are kept a secret even from the personnel involved. The young pilots must use all their courage and faith in order to survive and complete their mission or the fate of mankind would be compromised.