ユベルの事件から一ヶ月後、皆、元の生活を取り戻し、平穏な日々を送っていた。そんなある日、デュアルアカデミアでは、カードの不具合が発生していた。早速、鮫島校長の指示によって、万丈目と明日香が不具合を起こしているカードの回収を始める。各寮から次々と大量のカードが集められた。同時に、万丈目はコンピュータ室へ向かう。その時、藤原優介が万丈目と共にコンピュータ室へ同行するのだが、藤原の行動にはどこか不審なところがあった。やがて、集められたカードから不審な黒い霧がしみ出してくるのであった。