クロノスが手にした翔のテスト用紙から翔の名前が消えていく!?　その頃、空野と戦っていた翔は空野の攻撃に破れ、その姿を消していく。デュエルアカデミアでは、吹雪が学園生活を記録していた。そこへ現れる万丈目。吹雪と共に、最近、物忘れが激しくなっていることを語り合う。お互いに、自分たちの身に、また、学園そのものに何かが起こっていることを感じ合うのであった。そんな学園を無気味に見つめるミスターT。一方、危機が迫る学園に全速力で向かっている十代とヨハン。そして、ついにミスターTが学園に襲いかかってくる。